Untuk menanggulangi permasalahan kesehatan akibat bencana meletusnya gunung Merapi, Kemenkes RI memberikan bantuan antara lain mengirimkan 8 orang konselor ASI di 4 titik pengungsian (Lembugrejo, Sumber rejo, Catur Harjo, dan Rusmanda), melayani konseling menyusui serta penyuluhan massal di 11 titik pengungsian dengan materi ASI, PHBS, dan Kesehatan Lingkungan. Selain itu, melakukan pemantauan bantuan susu formula dan logistik MP-ASI serta memobilisasi 85,5 ton MP-ASI ke Provinsi DIY, Kab. Sleman, Kab. Bantul, Kab. Gunung Kidul, Kab. Magelang, Kab. Boyolali, Kab. Klaten, posko utama pakem di Sleman, posko GOR Maguwoharjo, dan posko youth center. Kementerian Kesehatan RI bersama Dinas Kesehatan Provinsi dan Kabupaten setempat terus melakukan pemantauan permasalahan kesehatan di lokasi bencana letusan gunung Merapi. Beberapa pos kesehatan telah didirikan sebagai upaya pelayanan kesehatan bagi pengungsi yaitu sebanyak 442 pos dengan rincian 80 pos di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) dan 362 pos di Provinsi Jawa Tengah. Posko Kementerian Kesehatan RI berada di Universitas Gajah Mada Yogyakarta.
Demikian hasil pantauan Pusat Penanggulangan Krisis (PPK) Kementerian Kesehatan RI yang diperoleh dari Dinas Kesehatan Provinsi DIY, Dinkes Kab. terkait dan PPK Regional Jawa Tengah sampai dengan 12 November 2010 pukul 17.00 WIB.
Kemenkes telah berkoordinasi dengan Dirut RSUP Dr. Sardjito dan menyepakati tentang penanganan korban luka bakar serta sistem pengambilan data korban yang di rawat di RS. Mengenai pembiayaan pasien yang di rawat dapat di klaim ke Kemenkes.
Sedangkan Badan Pengembangan dan Pemberdayaan SDM Kesehatan juga telah menyiapkan Poli Teknik Kesehatan (Poltekkes) untuk dimobilisasi dan menyiapkan tenaga D4 sebagai konselor jiwa di pengungsian, selanjutnya akan bergabung dengan Tim Kesehatan Jiwa. Bantuan lain yaitu Tim Kesehatan Litbang Kemenkes bersama BBTKL sedang menganalisis dampak debu vulkanis terhadap kesehatan.
Upaya kesehatan lainnya yang akan dilakukan di lokasi pengungsian antara lain melakukan promosi kesehatan, menjadwalkan pelaksanaan skrining status gizi balita dan ibu hamil tahap berikutnya, melakukan vaksinasi Campak dengan 5000 sasaran di Provinsi DIY, melaksanakan rehabilitasi bagi pengungsi dengan mendirikan trauma center (psikologi) serta objek respon imunisasi campak, mempersiapkan RS lapangan Kemenkes dengan lokasi RS Jiwa Magelang, dan melakukan Surveilans penyakit Pes oleh Direktorat P2PL.
Kementerian Kesehatan juga telah mengirimkan bantuan logistik berupa masker habis pakai sebanyak 428.000 buah, masker kain sebanyak 10 boks, MP-ASI sebanyak 16 ton, alat kesehatan dan obat-obatan untuk RSUP Dr. Sardjito, dan biaya operasional sebesar Rp.500 juta.
