Untuk membantu penanganan korban letusan Gunung Merapi, Kementerian Kesehatan RI telah menggerakkan bantuan berturut-turut sebagai berikut :
* Tanggal 26 Oktober 2010 : rompi 20 buah, spanduk 8 buah, masker 50.000 pcs, obat-obatan 4 ton, masing-masing kabupaten diberikan 1 ton, MP-ASI 6 ton dengan rincian Prov. DI Yogyakarta 2 ton, Kab. Magelang 2 ton, Kab. Klaten 1 ton, Kab. Boyolali 1 ton, dana operasional Rp. 200 juta, dengan rincian : Provinsi Jawa Tengah Rp. 150 Juta dan Provinsi DI Yogyakarta Rp. 50 Juta. Kemenkes juga mengirim Tim beranggotakan 13 orang untuk penanggulangan krisis kesehatan (4 orang dari Ditjen Bina Yanmed, 5 orang dari PPK, 2 orang dari Ditjen Binkesmas, 1 orang dari Ditjen P2PL dan 1 orang dari Ditjen Binfar & Alkes).
* Tanggal 27 Oktober 2010: Kaporit 8 ember, masker kain 10 box, insektisida 10 liter, 1 unit ventilator, Polibag 3.000 buah, masker 10.000 buah, air rahmat 500 botol, tawas 250 kg, lisol 100 liter, slap jamban 20 buah dan insektisida lalat 50 liter.
* Tanggal 28 Oktober 2010: Obat luka bakar Burnazine Cream 250 tube, 10 unit CVC set, Kantong mayat sebanyak 50 buah, 1 unit bedside monitor, 1 unit suction pump, 2 unit nebulizer, masker 10.000, Polibag 2.500, PAC 10.000 tablet, Aquatab 10.000 tab dan insektisida 50 liter.
Demikian laporan hasil pantauan PPK Kemenkes yang diperoleh dari Dinas Kesehatan Kab. Magelang, Kab. Klaten dan Kab. Boyolalai Prov. Jawa Tengah dan Kab. Sleman Prov. DI Yogyakarta, Dinas Kesehatan Provinsi DI Yogyakarta dan PPK Regional Jawa Tengah sampai dengan 28 Oktober 2010, pukul. 18.00 WIB.
Akibat meletusnya Gunung Merapi 26 Oktober 2010 pukul. 17.02 telah mengakibatkan korban meninggal sebanyak 34 orang ( 1 orang di Kab. Magelang dan 33 orang di Kab. Sleman). Korban rawat inap 88 orang. Para korban dirawat diberbagai rumah sakit, masing-masing di RSUP Dr. Sardjito 2 orang, RS Bethesda 1 orang, RSUD Muntilan 46 orang, RSIA Aisyah 2 orang, RS Panti Nugroho 8 orang, Puskesmas Kec. Dukun 17 orang, Puskesmas Kemalang 4 orang, dan Puskesmas Selo 3 orang. Selain itu, terdapat 47.144 orang mengungsi di 3 titik, yaitu Kab. Sleman 14.223 orang, Kab. Klaten 4.136 orang dan Kab. Magelang 28.785 orang.
Upaya yang telah dilakukan jajaran kesehatan ialah melakukan evakuasi korban, memberi pelayanan kesehatan di Rumah Sakit, Puskesmas dan Pos Kesehatan, dan mengaktifkan Pos Kesehatan 24 jam di lokasi pengungsian.
Pemantauan tetap dilakukan oleh Dinas Kesehatan Kabupaten terkait, Dinas Kesehatan Provinsi DI Yogyakarta, PPK Regional Jawa Tengah dan Pusat Penanggulangan Krisis Kementerian Kesehatan.